針對中央政府各機關營業、非營業特種基金推動行政透明相關配套措施未臻完備，審計部建請行政院研處相關配套措施。
審計部指出，法務部廉政署雖於102年4月30日函頒不具強制性之「機關推動行政透明措施建議作法」，復因部分中央政府機關(含營業、非營業特種基金)對於行政透明之了解，尚侷限於資訊公開法規定應主動公開資訊之範疇，未能循內部控制制度及標準作業程序，確實檢視作業流程，並辨識業務潛在及可能影響政府公信力之風險，致影響實際執行成效，經建請行政院督促研謀妥處，法務部廉政署已訂定行政院及所屬機關（構）推動行政作業流程透明原則。
審計部表示，為落實聯合國反貪腐公約，行政院於98年7月8日訂定國家廉政建設行動方案，法務部廉政署據以於102年4月30日函頒「機關推動行政透明措施建議作法」，及訂定「政風機構協助機關推動行政透明措施實施計畫」，期透過建置具體透明化措施，引進外部監督力量，降低弊端發生機率。
審計部強調，行政院已責由法務部廉政署就行政作業流程透明之標準、推動方式及程序等，於105年12月21日訂定「行政院及所屬機關（構）推動行政作業流程透明原則」，規範各機關業務作業流程應公開之法令適用、審查標（基）準、審核流程、審查進度與範例等事項，以確保政府行政部門運作、決策過程之外部監督可及性。
