財政部高雄國稅局指出，納稅義務人如有大陸地區來源所得，在申報綜合所得稅時，應將所得發生處所名稱、地址及所得額詳細填列，併同臺灣地區來源所得申報。但在大陸地區已繳納的所得稅得自應納稅額中扣抵，扣抵的數額不得超過因加計其大陸地區所得，而依臺灣地區適用稅率計算增加的應納稅額。
該局進一步補充說明，納稅義務人如有大陸地區來源所得可扣抵稅額，應檢附經行政院設立或指定機構或委託的民間團體（目前為財團法人海峽交流基金會）驗證後的大陸地區完納所得稅證明文件（內容應包括納稅義務人姓名、住址、所得年度、所得類別、全年所得額、應納稅額及稅款繳納日期等項目），供稽徵機關核認。
舉例說明如下，納稅義務人林君辦理103年度綜合所得稅結算申報短漏報大陸所得計613,592元，致短漏稅額143,667元，違反所得稅法第71條第1項規定，除應補徵稅款外，仍須處以所漏稅額2倍以下之罰鍰。該局特別提醒，因大陸地區來源所得非屬扣繳義務人法定辦理扣繳憑單申報之所得，不在稽徵機關提供查詢之所得資料範圍內，納稅義務人於課稅年度如有大陸地區所得應主動申報，避免因漏報而受罰。
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